系統(tǒng)性評估多種空間轉(zhuǎn)錄組分析算法
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細(xì)胞在組織器官內(nèi)所處的空間位置對于它發(fā)揮特異性功能至關(guān)重要,為了突破現(xiàn)有空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)在分辨率和通量上的局限性,生物信息學(xué)家設(shè)計了多種算法來整合空間轉(zhuǎn)錄組與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),但不同算法的工作原理和適用范圍存在顯著差異,使得研究者很難選擇最佳算法用來預(yù)測細(xì)胞類型和基因表達(dá)的空間分布。中國科大科研人員通過設(shè)計一整套分析流程,從準(zhǔn)確性、魯棒性、計算資源耗時等多維度,系統(tǒng)性地評估了16種空間轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)整合算法在預(yù)測基因或細(xì)胞類型空間分布方面的性能,并在開源軟件平臺github上提供了該流程,以幫助研究人員選擇最佳分析工具,促進(jìn)對相關(guān)生物學(xué)和病理過程的理解。相關(guān)成果發(fā)表在《自然方法》。
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